[Решено] Error en fichero htaccess

Antecedentes del problema:
Estoy intentando resolver un problema en mi sitio web relacionado con una modificación que WPML hace en el fichero .htaccess.

Síntomas:
El sitio web intenta cargar en el directorio /es, el cual no tiene contenido, causando caídas en el sitio.

Preguntas:
¿Cómo puedo evitar que WPML modifique el archivo .htaccess de manera incorrecta?
¿Qué pasos debo seguir para asegurarme de que el sitio no vuelva a caer por este motivo?