Обзор проблемы
Вариации товаров синхронизируются некорректно в тех случаях, когда у термина, используемого для создания вариаций, значение term_id в базе данных отличается от значения term_taxonomy_id.
Обходное решение
Эта проблема исправлена в WooCommerce Multilingual 3.6.5. Обновление решает эту проблему на Вашем сайте, поэтому это обходное решение понадобится Вам, только если Вы пока не можете выполнить обновление.
1. Скачайте WooCommerce Multilingual 3.6.5-beta1 со страницы загрузок WPML.org.
2. Запустите синхронизацию вариаций повторно или обновите исходный товар.